共享资源的焦点:应用生物信息中心
应用生物信息学中心合作者分享发现。L R:帮派Wu博士Wojciech Rosikiewicz,博士,蕴结气、博士,詹森•迈尔斯Beisi徐,博士学位。
没有谁天生就知道如何阅读。作为一个孩子,你学会分解音节之前把它们拼在一起。一旦你能打破一串字母,阐明每个辅音和元音,你可以把这个词的含义。但这并不意味着你可以阅读和理解一个句子,更不用说一个整本书。
在研究、测序是解锁的关键生物发现,但是测序,像理解单词,仅仅是第一步。页面上的单词和生物数据,必须进行分析和解释。你可能自己知道单词的意思,但是它们在上下文中是什么意思?同样,大数据的研究可以更彻底的笨拙和需求处理理解的结果。实现研究目标,一个人(或东西)必须找到意义的混乱,把发现的宝石的原始数据。
的应用生物信息学中心圣裘德(出租车)是力量。出租车科研人员开发开放获取管道来处理数据哈特韦尔生物技术中心圣裘德,另一个共享资源,进行测序。这些内部共享资源的桥梁科学探究的空白,提供最先进的技术和服务帮助研究人员充分发挥他们的潜力。
分解大数据
出租车的合作伙伴依赖中心的管道来展示他们的数据更容易获得或相关的方式。这一步,称为数据处理,开始当哈特韦尔中心或出租车发起AutoMapper管道,传输数据时出租车进行进一步的处理和探索研究定义了一个科学问题。出租车裁缝这些管道的需求调查。在最初咨询、集团领导在出租车直接任何杰出的任务更专门的出租车。
“作为bioinformaticians,我们把这个序列数据和帮助生物,实验室研究人员解释和理解测序数据告诉我们基于其特定的参数实验,”说杰森·迈尔斯DevOps经理女士,在出租车。
Bioinformaticians出租车也需要考虑最大化他们的时候,特别是在一个相对较小的团队庞大,不同的工作负载。为Wojciech Rosikiewicz博士,高级生物信息学研究科学家出租车,每一个项目都是一个机会来开发可再生的代码。再现性允许科学家都产生相同的结果每次运行代码,减少技术错误的机会。
几年前,Rosikiewicz和他的同事在一个经常要求分析,但它花了好几天的实践步骤进行。在处理前几个数据集时,研究者还要求Rosikiewicz协助更多的即将到来的数据。Rosikiewicz曾担忧的任务将变得无法投递的。然而,每次Rosikiewicz遇到了一个新的分析步骤,他想象着它一小块在一个更大的难题。
Wojciech Rosikiewicz博士和帮派Wu博士讨论应用生物信息学研究中心。
“我将努力让每一段代码,对于每一个步骤,作为一种可重用的乐高积木块,“Rosikiewicz说。“一个小模块与一个特定的函数,如果需要,可能会成为一个管道的一部分。”
通过连接和建立在这些“积木”,Rosikiewicz开始形成一个结构,他的同事也可以运用在其他情况下,这成为了团队使用管道的基础几乎每一个星期。
后把所有在一起,那些块相同的分析之前我花了两天现在可能需要一个小时的实际工作,“Rosikiewicz说。这打开了bioinformaticians的时间表,让他们帮助更多的调查人员在其细分市场。
合作在出租车的核心
出租车导演帮吴博士,看到出租车作为唯一坐落在圣裘德资源,帮助不同的项目实现他们的目标,同时避免重叠与其他团队。
“我们都是做很多不同的项目,”吴说。“这就是为什么我们必须有深度与嵌入的科学家合作。”
茉莉花垫块博士,运行空间组学中心圣裘德(方案)。她的团队取决于出租车的管道处理sequencing-based空间技术数据。
“我们高度协作与出租车,”普卢默说。“出租车和方案在计算管道sequencing-based空间技术。”
普卢默希望继续这种创新与出租车以外的管道方案使用。
“在未来,我们希望建立在出租车现有的基因组结构和真的对任何类型的空间组学技术到一个地方,他们可以计算分析它,”普卢默说。
除了与实验室合作,出租车促进实验室之间的工作。
“我们有统一的数据允许cross-lab协作,”吴说。“这是一个巨大的价值。”
进入一个新时代的探索
随着鼓励研究人员之间的合作,出租车是把页面和考虑到数据将在未来的研究中发挥作用。
而不是知识推动研究,吴认为数据可以告诉调查人员提出的研究问题。
“调查人员需要什么现在是数据驱动的假说的一代,”吴说。“这是一个假说驱动的过程增强了我们的积累数据的探索性分析。当然,你需要协调所有这些数据并使其可用。这是我们做的。”
蕴结气博士和杰森·迈尔斯,审查的数据中心应用生物信息学。
尽管人工智能的优点,可用于假设一代,迈尔斯说,他认为bioinformaticians做的不仅仅是过程和分析数据。虽然自动化加速生物信息学工作,迈尔斯,生物信息学的一个重要的组成部分是沟通。
然而,住在新技术的前沿可以补充这些沟通技巧,使bioinformaticians更好更快地完成他们的工作。
“圣裘德,我们有大量的存储库的数据,我们有很多问题要回答,“说中国气博士,生物信息学的研究科学家出租车。“应用这些大模型和这些新技术,我们可以回答更多生物的问题。”
出租车可以帮助研究人员解读小说价值的数据,打开全新的发现。通过与实验室和拥抱新技术,建立连接驾驶室人员帮助调查人员从读一个单词理解整个故事,导致更大的科学知识。
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